R语言绘制维恩图ggvenn示例详解
目录
引言
1.安装
2.基础用法
3.图形美化
4.提取交集部分并输出
引言韦恩图，Venn diagram，常用图的一种，用来展示集合之间的特异性和共同性。现在有很多在线的网站都可以绘制，但是R来画也方便，其中ggvenn是基于ggplot2的专门绘制韦恩图的R包。
官方网站：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn
1.安装ggvenn在CRAN上，直接用Install.packages就可以完成安装：
> install.packages("ggvenn")
> library(ggvenn)
2.基础用法
ggvenn支持list和data.frame两种数据格式。这里以三个基因文件为例：
读取三个基因文件：
> set1<-read.csv("gene_a.csv")
> set2<-read.csv("gene_b.csv")
> set3<-read.csv("gene_c.csv")
提取每个文件的基因id，创建list：
> dat <- list( A = set1$gene_id, B = set2$gene_id, C = set3$gene_id)
绘图：
> ggvenn(dat)
绘制部分list：
> ggvenn(dat, c("A", "B"))
填充
fill_color：填充颜色
fill_alpha：填充透明度
边框
stroke_color：边框颜色
stroke_alpha：边框透明度
stroke_size：边框粗细
stroke_linetype：边框线的类型
集合名
set_name_color：集合名颜色
set_name_size：集合名字号
集合内文本
text_color：文本颜色
text_size：文本字号
百分比
show_percentage：TRUE or FALSE
> ggvenn(dat,show_percentage = T,
stroke_color = "white",
stroke_size = 0.5,
fill_color = c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_color =c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_size = 15,text_size=6)
> A_B <- as.data.frame(intersect(set1$gene_id, set2$gene_id))
> write.csv(A_B,"A_B_common_gene.csv",row.names = F)
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