TCGA数据下载及全流程分析(更新中)

Lilac ·
更新时间:2024-09-21
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一、GDCRNATools包下载

首先下载R包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GDCRNATools")

下载好之后运行,以COAD数据为例,下载:

library("GDCRNATools") gdcRNADownload(project.id = "TCGA-COADREAD", data.type = "RNAseq", write.manifest = FALSE, method = "gdc-client")

参考资料:

1、GDCRNATools一个TCGA数据分析的全能选手

2、TCGA数据下载和整理工具----GDCRNATools

3、GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具(英文版)

4、bioconduct说明

5、TCGA数据下载网址:GDC

6、手把手教你用R语言下载TCGA数据库:GDCRNAtools(丁香园)


作者:Eric's blog



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