一、GDCRNATools包下载
首先下载R包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GDCRNATools")
下载好之后运行,以COAD数据为例,下载:
library("GDCRNATools")
gdcRNADownload(project.id = "TCGA-COADREAD",
data.type = "RNAseq",
write.manifest = FALSE,
method = "gdc-client")
参考资料:
1、GDCRNATools一个TCGA数据分析的全能选手
2、TCGA数据下载和整理工具----GDCRNATools
3、GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具(英文版)
4、bioconduct说明
5、TCGA数据下载网址:GDC
6、手把手教你用R语言下载TCGA数据库:GDCRNAtools(丁香园)
作者:Eric's blog