Python 读取 .gz 文件全过程
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Python 读取 .gz 文件
Python 读取gz文件，字符串与字节串的相互转换
Python 读取 .gz 文件读取.gz 文件需要使用gzip 包，如果没有安装可以自行在终端安装
pip install gzip
import gzip
path = "" #你的文件路径
f = gzip.open(path, 'rb')
for line in f.readlines(): # 按行进行读取
s = line.decode() # 读取之后要进行解码
print(s) # s 为string类型，就是我们读取的文件中的一行
也可以批量读取，批量读取文件使用os包对文件夹中的所有文件进行
import gzip
import os\
path = "" #表示你要打开的文件夹
files = os.listdir(path) #files 是path中存放的所有文件名集合
for file in files:
f = gzip.open(path+file, 'rb')
for line in f.readline():
print(line)
Python 读取gz文件，字符串与字节串的相互转换
首先是字节串转字符串，也就是str：
b = b'some byte array'
str(b, encoding = "utf-8")
#or
bytes.decode(b)
然后是字符串转为字节串：
s = 'some string'
bytes(s, encoding = "utf8")
#or
str.encode(s)
fastq.gz文件读取
with gzip.open(fq,'r') as fastq:
try:
while True:
line1 = next(fastq).decode() # 字节转字符串
line2 = next(fastq).decode()
line3 = next(fastq).decode()
line4 = next(fastq).decode()
except:
pass
以上为个人经验，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持软件开发网。
