markdown百度百科
“Markdown是一种可以使用普通文本编辑器编写的标记语言,通过简单的标记语法,它可以使普通文本内容具有一定的格式。”
R markdown就是markdown + R code。
它可以:1)保存和执行代码;2)生成可以分享的报告;
总的来说R Markdown用来将你的数据和R语言的分析过程和结果转化为文档报告,并且分享给别人。更重要的一点是R Markdown让你的分析过程具有可重现性。就是别人拿到了你的R Markdown文件,可以执行这个文件,看到和你一样的分析过程和结果。
非常有用的Rstudio R Markdown学习网址 https://rmarkdown.rstudio.com/index.html
R Markdown 安装R Markdown的package是rmarkdown
。
install.packages("rmarkdown")
我们可以看看安装rmarkdown命令的结果,看看会安装什么其他的包:
程序包‘highr’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘markdown’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘knitr’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘yaml’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘evaluate’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘base64enc’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘tinytex’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘xfun’打开成功,MD5和检查也通过
程序包‘rmarkdown’打开成功,MD5和检查也通过
R Markdown demo
我们先来看看rmarkdown的help文档吧。help(package="rmarkdown")
我们来试试rmakrdown里面的第一个例子。R markdown文件,是一个以.Rmd
为后缀名的文本文件。但是当我运行的时候,报错了。
> render("input.Rmd")
错误: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available).
搜索了一下,应该是pandoc是RStudio默认安装的,一般用户也是在RStudio里面使用R Markdown。我是在R GUI里面用的,所以找不到pandoc。我打算先安装一个pandoc试试。pandoc下载地址
安装完pandoc之后重新启动R GUI问题就解决了。
大家可以看到一个简单的R Markdown文件被执行后,生成了一个first.html页面。也就是下面图上右边的。RStudio会有更好的用户体验,我今天先在R GUI试试水。
R Markdown文件里面大致可以分为三块:
普通报告文字 Markdown语法 R code在R markdown里面, R code会被嵌入在一个片段。可以在上面的截图看到。这里面要提到的是,R嵌入的代码片段有几个很重要的设置,会影响R markdown的生成。
include=FALSE
,是指R code和结果都不会在报告里面显示。但是code还是会被执行,code执行的结果后面code也可以使用。
echo=FALSE
,是指R code不显示,但是执行结果会被显示在报告里面。这个很适用于画图的code。
在上面的执行过程中,我们一直输出html格式的报告。
render("first.Rmd", "html_document")
报告的格式可以通过render函数的参数output_format
指定。它可以指定为:
html_document
pdf_document
word_document